Bạn đang chuẩn bị xuất khẩu hàng hóa nhưng chưa rõ quy trình thực hiện như thế nào? Việc nắm vững quy trình thủ tục hải quan xuất khẩu sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và hạn chế rủi ro khi làm việc với cơ quan hải quan. Trong bài viết này, Eimskip sẽ hướng dẫn bạn đầy đủ các bước từ A đến Z để hoàn tất thủ tục hải quan xuất khẩu trong năm 2026 – bao gồm chuẩn bị hồ sơ, khai báo hải quan, phân luồng, và xử lý các tình huống phát sinh một cách dễ hiểu và thực tiễn nhất.
Thủ tục hải quan xuất khẩu là gì?
Thủ tục hải quan xuất khẩu là toàn bộ quá trình doanh nghiệp thực hiện khai báo, nộp hồ sơ, kiểm tra và hoàn tất nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan để hàng hóa được phép đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam.
Khi hoàn tất đầy đủ hồ sơ, nghĩa vụ thuế và được cơ quan hải quan chấp thuận, lô hàng sẽ ở trạng thái đơn hàng đã được thông quan.
Đơn hàng đã được thông quan là gì?
Đơn hàng đã được thông quan là lô hàng đã hoàn tất toàn bộ thủ tục hải quan theo quy định. Hệ thống hải quan xác nhận thông quan, các khoản thuế (nếu có) đã được tính toán và thanh toán đầy đủ. Sau đó, cơ quan hải quan sẽ giải phóng hàng để doanh nghiệp tiếp tục đưa hàng ra cảng, sân bay hoặc bàn giao cho đơn vị vận chuyển quốc tế.
Nói cách khác, “thông quan” chính là bước xác nhận cuối cùng để hàng hóa hợp pháp rời khỏi Việt Nam.
Vậy để một lô hàng được thông quan thành công, doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì? Quy trình thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu năm 2026 gồm những bước nào? Cùng Eimskip tìm hiểu chi tiết ngay dưới đây.
Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu được cập nhật mới nhất 2026 gồm các bước sau:
1. Kiểm tra lại những thông tin cần thiết
2. Chuẩn bị chứng từ liên quan tới lô hàng
3.Tiến hành khai báo tờ khai hải quan
4. Thực hiện nghĩa vụ thuế và các khoản phí liên quan
5. Kiểm tra, thông quan và lưu trữ hồ sơ
1. Kiểm tra lại những thông tin cần thiết
Cần kiểm tra lại chính sách mặt hàng và chính sách thuế trước khi thực hiện thủ tục hải quan xuất nhập khẩu hàng hóa, và việc này nên được tiến hành càng sớm càng tốt. Thậm chí, có thể thực hiện trước khi tiến hành đàm phán hợp đồng xuất khẩu. Quan trọng nhất là xác định xem chính sách của chính phủ có khuyến khích, hạn chế hay cấm xuất khẩu mặt hàng này hay không.
Ngoài ra, trước khi ký hợp đồng xuất khẩu, cần phải tìm hiểu về các hạn chế, hạn ngạch xuất khẩu hoặc giấy phép. Đương nhiên, không thể thông quan xuất khẩu nếu không có giấy phép hoặc hạn ngạch.
Thêm vào đó, với vai trò là chủ hàng xuất khẩu, bạn cần xác định xem mặt hàng đó có phải chịu thuế xuất khẩu hay không. Số lượng mặt hàng chịu thuế thấp hơn nhiều so với mặt hàng nhập khẩu theo chính sách khuyến khích xuất khẩu. Các mặt hàng như khoáng sản (than, đá, quặng, kim loại quý), lâm sản và một số mặt hàng khác vẫn tiếp tục chịu thuế xuất khẩu (như gỗ và các sản phẩm từ gỗ).
Sau khi đã nắm vững các chính sách liên quan, bạn có thể tiến hành đàm phán và ký kết các hợp đồng ngoại thương với các đối tác nước ngoài. Điều này là cơ sở để tiếp tục thực hiện thủ tục hải quan xuất nhập khẩu hàng hóa một cách hiệu quả.
2. Chuẩn bị chứng từ liên quan tới lô hàng
Dựa trên quy định của Thông tư 38/2015/TT-BTC và bản sửa đổi tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ bắt buộc dưới đây khi làm thủ tục hải quan.
- Tờ khai hải quan điện tử (EDA/EDC): Doanh nghiệp thực hiện khai báo trên phần mềm kết nối VNACCS, sau đó truyền dữ liệu lên hệ thống hải quan dưới định dạng XML theo tiêu chuẩn điện tử
- Hợp đồng mua bán hoặc đơn đặt hàng (Sale Contract)
- Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)
- Phiếu đóng gói (Packing List)
- Giấy tờ chứng minh nguồn gốc xuất xứ hàng hóa (C/O)
- Hồ sơ xuất nhập khẩu
- Chứng từ vận chuyển (nếu cần): Bao gồm hóa đơn vận chuyển, lệ phí vận chuyển, và thông tin liên quan đến vận chuyển hàng hóa.
- Giấy phép chuyên ngành: Tùy loại hàng hóa, doanh nghiệp có thể phải bổ sung thêm các giấy tờ như kiểm dịch, chứng nhận chất lượng hoặc xác nhận an toàn thực phẩm theo quy định.
- Chứng từ ngân hàng (nếu cần)
Tìm hiểu thêm tại: Hiểu rõ về bộ chứng từ xuất nhập khẩu [2026]
3. Tiến hành khai báo tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS
Sau khi hoàn thiện bộ chứng từ xuất khẩu, doanh nghiệp tiến hành khai báo tờ khai hải quan điện tử thông qua hệ thống VNACCS/VCIS theo quy định của Tổng cục Hải quan.
Tờ khai sẽ bao gồm các thông tin quan trọng như:
- Thông tin người xuất khẩu, người nhập khẩu
- Chi tiết hàng hóa (tên hàng, mã HS, số lượng, trị giá…)
- Điều kiện giao hàng, phương thức vận chuyển
- Các chứng từ đính kèm điện tử (hóa đơn, packing list, hợp đồng…)
Doanh nghiệp có thể trực tiếp thực hiện khai báo hoặc ủy quyền cho đại lý hải quan được cấp phép.
Sau khi tờ khai được truyền thành công, hệ thống sẽ tự động phân luồng kiểm tra theo cơ chế quản lý rủi ro.
Tối Ưu Hóa Quy Trình Xuất Nhập Khẩu với Khai Báo Hải Quan Điện Tử
Kết quả phân luồng gồm:
Luồng xanh:
Hệ thống chấp nhận thông quan tự động, không yêu cầu kiểm tra hồ sơ hay kiểm tra thực tế hàng hóa.
Luồng vàng:
Cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra hồ sơ điện tử hoặc hồ sơ giấy (nếu được yêu cầu), nhưng không kiểm tra thực tế lô hàng.
Luồng đỏ:
Lô hàng phải kiểm tra cả hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa trước khi được thông quan.
Tùy vào kết quả phân luồng, doanh nghiệp sẽ tiếp tục thực hiện các bước nộp thuế (nếu có) và hoàn tất thủ tục để lô hàng được thông quan.
Đọc thêm: Phân luồng tờ khai hải quan? Ý nghĩa luồng đổ, luồng xanh, luồng vàng trong thông quan
4. Thực hiện nghĩa vụ thuế và các khoản phí liên quan
Sau khi tờ khai được hệ thống chấp nhận, doanh nghiệp cần hoàn thành nghĩa vụ tài chính theo quy định. Tùy thuộc vào loại hình và tính chất hàng hóa, các khoản phải nộp có thể bao gồm:
- Thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu (nếu thuộc diện chịu thuế).
- Thuế giá trị gia tăng (VAT).
- Thuế tiêu thụ đặc biệt (đối với hàng hóa thuộc diện chịu thuế).
- Thuế bảo vệ môi trường hoặc các khoản thu khác theo quy định hiện hành.
Hiện nay, việc nộp thuế chủ yếu được thực hiện qua hệ thống thanh toán điện tử 24/7 thông qua ngân hàng phối hợp thu với cơ quan hải quan, giúp rút ngắn thời gian thông quan.
5. Kiểm tra, thông quan và lưu trữ hồ sơ
Sau khi hoàn tất khai báo và nghĩa vụ thuế, lô hàng sẽ được xử lý theo kết quả phân luồng:
- Trường hợp luồng vàng: Cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ khai báo nhưng không kiểm tra thực tế hàng hóa.
- Trường hợp luồng đỏ: Hải quan tiến hành kiểm tra cả hồ sơ và thực tế lô hàng (kiểm đếm, cân đo hoặc soi chiếu tùy trường hợp).
Nếu kết quả kiểm tra phù hợp và không có sai sót, cơ quan hải quan sẽ xác nhận thông quan trên hệ thống. Khi đó, doanh nghiệp được phép đưa hàng ra khỏi khu vực giám sát để tiếp tục vận chuyển.
Lưu trữ hồ sơ sau thông quan
Sau khi hoàn tất thủ tục, doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ hồ sơ hải quan theo thời hạn quy định để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra thuế (nếu phát sinh). Hồ sơ lưu trữ bao gồm tờ khai điện tử, chứng từ thương mại, chứng từ thanh toán, giấy phép chuyên ngành và các tài liệu liên quan đến lô hàng.
Việc lưu trữ đầy đủ và có hệ thống không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định pháp luật mà còn hạn chế rủi ro khi cơ quan hải quan thực hiện hậu kiểm.
Cập nhật quy định mới về hồ sơ hải quan xuất khẩu
Bên cạnh các chứng từ nêu trên, doanh nghiệp cần lưu ý một số điểm quan trọng theo xu hướng quản lý mới:
Tăng cường hồ sơ điện tử và dữ liệu số
- Hồ sơ hải quan được nộp và lưu trữ chủ yếu dưới dạng điện tử.
- Cơ quan hải quan tăng cường kiểm tra dữ liệu khai báo thay vì yêu cầu nộp bản giấy.
- Doanh nghiệp cần đảm bảo tính đồng nhất giữa tờ khai, hóa đơn, vận đơn và chứng từ thanh toán.
Quản lý rủi ro và hậu kiểm chặt chẽ hơn
- Việc phân luồng dựa trên lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp.
- Doanh nghiệp có rủi ro cao dễ bị kiểm tra thực tế hoặc kiểm tra sau thông quan.
- Hồ sơ cần được lưu trữ đầy đủ để phục vụ công tác hậu kiểm trong thời hạn luật định.
Kiểm soát mã HS và trị giá khai báo
Trong giai đoạn 2025–2026, cơ quan hải quan tăng cường kiểm tra:
- Phân loại mã HS
- Xác định trị giá hải quan
- Xuất xứ hàng hóa (C/O)
Việc khai sai mã HS hoặc khai không đúng trị giá có thể dẫn đến ấn định thuế và xử phạt hành chính.
Kết nối dữ liệu với các bộ ngành
Hệ thống một cửa quốc gia tiếp tục được mở rộng, nhiều giấy phép chuyên ngành được cấp và truyền dữ liệu tự động sang hệ thống hải quan. Do đó, doanh nghiệp cần theo dõi trạng thái phê duyệt trên hệ thống trước khi truyền tờ khai.
Lưu ý quan trọng
Không phải mọi lô hàng đều cần đầy đủ các loại giấy tờ trên. Việc xác định chứng từ bắt buộc phụ thuộc vào:
- Mã HS của hàng hóa
- Thị trường xuất khẩu
- Chính sách quản lý chuyên ngành
- Điều kiện hợp đồng ngoại thương
Doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ quy định trước khi truyền tờ khai để tránh phát sinh luồng đỏ hoặc chậm thông quan.
Các loại chứng từ có thể cần bổ sung khi làm hồ sơ hải quan xuất khẩu (tùy theo mặt hàng)
Giấy phép xuất khẩu thuộc diện quản lý chuyên ngành
Áp dụng đối với các mặt hàng chịu sự kiểm soát đặc biệt như khoáng sản, hóa chất, phế liệu, sản phẩm công nghệ nhạy cảm hoặc vật liệu nổ công nghiệp. Doanh nghiệp phải xin cấp phép từ cơ quan quản lý chuyên ngành trước khi thực hiện khai báo hải quan.
Giấy chứng nhận an toàn thực phẩm
Bắt buộc với thực phẩm, đồ uống, phụ gia hoặc sản phẩm có tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm. Chứng nhận này nhằm đảm bảo hàng hóa đáp ứng yêu cầu về vệ sinh và an toàn theo quy định.
Chứng thư kiểm tra chất lượng hoặc hợp quy (CO/CQ, kết quả kiểm tra nhà nước)
Áp dụng cho máy móc, thiết bị, vật tư hoặc các mặt hàng thuộc danh mục kiểm tra chất lượng theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia. Tùy từng nhóm hàng, cơ quan chức năng sẽ yêu cầu chứng nhận phù hợp trước khi thông quan.
Giấy chứng nhận kiểm dịch động vật và thủy sản
Đối với động vật sống, sản phẩm có nguồn gốc động vật hoặc thủy sản, doanh nghiệp phải thực hiện kiểm dịch và được cơ quan thú y cấp chứng thư theo quy định hiện hành.
Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (Phytosanitary Certificate)
Được yêu cầu với nông sản, hạt giống, sản phẩm từ thực vật hoặc nguyên liệu gỗ. Chứng thư do cơ quan kiểm dịch thực vật cấp để xác nhận lô hàng đáp ứng tiêu chuẩn xuất khẩu.
Chứng nhận hun trùng (Fumigation Certificate)
Thường phát sinh đối với lô hàng có sử dụng pallet gỗ, bao bì gỗ hoặc vật liệu đóng gói bằng gỗ theo tiêu chuẩn ISPM 15. Một số thị trường nhập khẩu yêu cầu chứng từ này như điều kiện bắt buộc.
Chứng thư giám định theo yêu cầu của đối tác
Trong một số hợp đồng ngoại thương, bên mua có thể yêu cầu bổ sung chứng thư giám định về số lượng, chất lượng hoặc tình trạng hàng hóa do tổ chức giám định độc lập cấp trước khi xuất khẩu.
Vì sao nên sử dụng Dịch vụ hải quan Eimskip?
Bất cứ lúc nào bạn tìm kiếm đến dịch vụ khai báo hải quan xuất nhập khẩu chuyên nghiệp từ A đến Z, hãy xem báo giá của chúng tôi!
Eimskip sẽ tạo điều kiện cho quá trình khai báo hải quan của bạn trở nên an toàn bằng quy trình khai báo nhanh chóng với các dịch vụ sau:
- Tư vấn hồ sơ kê khai hải quan
- Chọn HS code cho phù hợp
- Kiểm tra chứng từ xuất nhập khẩu
- Làm tờ khai hải quan
- Truyền tờ khai hải quan
- Tư vấn kiểm định chất lượng hàng hóa nhập khẩu
- Tư vấn định giá hàng nhập khẩu
- Thay mặt chủ hàng làm việc với cơ quan hải quan, hãng tàu
- Dịch vụ xin cấp giấy chứng nhận vệ sinh an toàn thực phẩm
- Dịch vụ xin C/O thay mặt khách hàng
Để được tư vấn thêm về dịch vụ khai báo hải quan, Quý khách hòng vui lòng liên hệ :
Địa chỉ: Số 96 Cao Thắng, Phường Bàn Cờ, TP.HCM
Hotline: 084 431 2878 / 028 6264 63 80
Email: long@eimskip.com (Mr.Long)
